历史起源
从万历时代的国本之争、明末三案、京察之争，就有东林党争的影子。万历三十二年（1604年），吏部郎中顾宪成因为得罪了皇帝而被革职，他与高攀龙、钱一本等在家乡无锡东林书院讲课，“讲习之余，往往讽议朝政，裁量人物”，常常和东林书院中人谈论朝政得失，他们渐渐形成了一个在野集团，被称为“东林党”，《明史·孙丕扬传》说：“南北言官群击李三才、王元翰，连及里居顾宪成，谓之‘东林党’。”；他们主张开放言路、实行改良时政等意见，得到广泛支持，同时遭到朝臣、宦官的激烈反对。
同时期的浙江宁波人沈一贯纠集在京的浙江籍官僚，结成东林党的反对派，被称作“浙党”，以官应震、吴亮嗣为主的楚党，和山东的齐党皆依附于浙党，合称“齐楚浙党”，其它以地缘关系结成的党派还有宣党和昆党。宣党、昆党、楚党、齐党、浙党与东林党人相互攻击，“东林党争”绵延数十年，几无宁日。《王学质疑》提要说：“夫明之亡，亡于门户；门户始于朋党；朋党始于讲学。
夏允彝《幸存录》在“门户大略”说：“自万历以前，未有党名，及四明（沈一贯）为相，以才自许，不为人下，而一时贤者如顾宪成、孙丕扬、邹元标、赵南星之流，蹇谔自负，每相持。附四明者，言路亦有人。而宪成讲学于东林，名流咸乐于趋之，此东林、浙党所自始也。”《弘光朝伪东宫伪后及党祸纪略》亦载：“党祸始于万历间，浙人沈一贯为相，擅权自恣，多置私人于要路；而一时贤者如顾宪成、高攀龙、孙丕扬、邹元标、赵南星之属，气节自许，每与政府相持。而高、顾讲学于东林，名流咸乐附之，此东林党祸所自始也。”
事件原因
东林党争的爆发源于多重因素的叠加。万历朝的国本之争中，围绕太子朱常洛与福王朱常洵的储位之争，东林党以“礼”为纲，齐楚浙党以“势”相抗，党争从行政分歧升级为意识形态博弈。明代中后期，制度缺陷与管理者缺陷相互激荡，皇帝（如明神宗）过度依赖官僚体系，自身缺乏有效执行与监察团队，导致皇权在与文官集团的博弈中逐渐失序，为党争上位提供了空间。
与此同时，本用于考核官员的京察制度被各党派用作打击异己、结援同党的工具，加剧了派系对立。在政治集团层面，顾宪成等士人因政见不合被罢官后，于无锡东林书院讲学议政，主张开放言路、实行改良时政，逐渐形成在野政治集团，其主张得到广泛支持，也遭到朝臣和宦官的激烈反对，催化了党派分野。此外，明末资本主义萌芽的蓬勃发展，使得朝堂上的文官其背后都有商人背景，如东林党代表江南新兴工商业和小地主阶层，浙党背后是海商和大地主，齐党、楚党依附权贵和传统内地大地主阶层等，不同利益集团的诉求也加剧了党争。
参与方
准备工作
顾宪成会同顾允成、高攀龙、安希范、刘元珍、钱一本、薛敷教、叶茂才（东林八君子）发起东林大会，制定《东林会约》，规定每年举行大会一二次，每月小会一次。其讲学内容从学术探讨逐渐转向“讽议朝政，裁量人物”，评议时政得失，并与朝中政见相同者保持联系，使东林书院从一个学术团体逐渐演变为具有全国影响力的在野政治舆论中心和政治派别（东林党）。
事件经过
党争肇始
万历二十一年（1593年）三月由吏部尚书孙鑨、左都御史李世达和考功司郎中赵南星主持的癸巳京察，臣僚乘机徇私毁誉，结援同党，有大批的大臣被罢免，吏部文选郎吕胤昌、给事中王三余，均被斥黜。御史袁可立因申救同僚直接触怒辅臣沈一贯，沈一贯怂恿万历帝直接将袁可立罢官，引起轩然大波。事后言官又劾论吏部稽勋司员外郎虞淳熙、兵部职方郎中杨于庭、主事袁黄。
万历三十三年（1605年）东林党人杨时乔与左都御史温纯主持乙巳京察，距癸巳已十二年，期间爆发了“伪楚王案”，形成沈一贯与沈鲤两大集团的斗争，沈鲤借机贬谪浙党官员给事中钱梦皋、钟兆斗及御史张似渠、于永清，沈一贯则称病闭门家居，最后内阁只剩朱赓一人，叶向高曾说“廊庙空虚一也；上下否隔二也；士大夫好胜喜争，三也；多藏厚积必有悖出之衅四也；凤声气习日趋日下莫可挽回，五也”。
万历三十九年（1611年）辛亥京察，由年届八十的吏部尚书孙丕扬主持，徐绍吉、周永春等策划倾覆东林，被吏部右御郎王图制止。这时期朝廷的党争形成南党和北党之争，互相攻击，京畿道御史徐兆魁说：“东林所至，倾动一时，能使南北交攻，角胜党附”。
日后阁部大臣，长久缺员，万历帝亦置之不理，《资治通鉴三编发明》说：“楚宗事至是几十年矣，而廷臣犹以世卿右王之故，相继论劾，借端攻击，报复相寻，朝事已不可问”。叶向高先后上疏百余次，力陈：“今自阁臣至九卿台省，曹署皆空，南都九卿亦只存其二”，“陛下万事不理，以为天下长如此，臣恐祸端一发不可收也”。吏部尚书孙丕扬曾推荐沈鲤、郭正域、顾宪成、赵南星、高攀龙等，神宗一概不理。
泰昌元年（1620年）的移宫案中，杨涟、左光斗等东林党人拥立太子朱由校继位有功，赵南星、高攀龙、顾大章、夏嘉遇、周宗建、袁可立等重新启用。1623年（天启三年）东林党人主京察，又逐齐楚浙党，明末考核京官的制度成为党争的工具。明末国子祭酒倪元璐说：“其始天子静摄，听臣工群类之自战而不为之理，所谓鼠斗穴中，将勇者胜耳。故其时其血玄黄，时胜时败”
东林党狱
明熹宗时，政治极度腐败，宦官魏忠贤独揽大权，自称“九千九百岁”；实行血腥镇压，他控制卫厂特务机构，爪牙遍及各地，随意杀人，施行刑罚。他又拆毁全国书院，许多东林人物被迫害致死，朝野忠良尽去，还殃及边防将帅，如熊廷弼、孙承宗、袁可立等。明思宗继位后，对东林党的迫害才告停止，东林党在崇祯初年暂时抬头，但明思宗又说：“朕御极之初，撤还内镇，举天下大事悉以委大小臣工，比者多营私图，罔恤民艰，廉谨者又迂疏无通。”在处斩袁崇焕后，东林党的声势又告衰落，皇帝最后只能信任宦官，阉党势力复起。
东林诸人，多数是知直不知曲的“君子”，对个人声名之看重甚于国家利益，争意气而不争是非，君臣之间尤喜意气用事，明神宗则因为立储一事与大臣反复较量，最终虽屈服于众意，但深居后宫不问国事达三十年之久。黄宗羲《明儒学案》说：“天下君子以清议归于东林，庙堂亦有畏忌。”“东林中亦多败类，及攻东林者，亦间有清操之人。”“方东林势盛，罗天下清流，士有落然自异者，诟谇随之矣。”凡不合东林人士法眼者，就被视为小人，齐楚浙党不一定服气魏党，但一时走投无路，大多投靠魏忠贤门下。魏忠贤的助手魏广微之父魏允贞生前和赵南星、顾宪成是好友。魏广微当了大学士后，以子侄辈的礼数三次登门拜访，赵南星硬是闭门不纳，逢人便说“见泉无子”，魏广微深恨不已，怂恿魏忠贤残酷镇压东林党人。高阳批评赵南星“正气可敬，却微嫌刚愎，行事直道而行，不说后果，因而把一些游离分子都逼到阉党那面”。
事件结果
党争的影响并未随明朝灭亡而终结。在南明时期，党争严重阻碍了抗清力量的整合。清初大量沿用明臣，明末党争的阴影一度在清廷政局中复现，直至清统治者强力整肃方才平息。
后续发展
明朝灭亡后，东林党争并未平息，而是延续至南明政权。弘光朝时，阮大铖等阉党余孽对东林、复社人士进行报复。永历朝则爆发了瞿式耜与李成栋、陈邦博之间的“吴楚党争”，严重削弱了南明抗清力量。清朝统治者对延续的明末党争余波始终保持警惕并采取压制态度。顺治、康熙时期，通过强硬手段（如对党争官员的处罚、杀戮）以及大兴文字狱等方式，逐渐消除了明末党争在清廷政治中的影响。
历史影响
东林党争使明朝后期的政治陷入空转和内耗，各党派之间为维护自身利益、排除异己而相互攻击，甚至利用“京察”等官员考核制度作为斗争工具。官员的注意力集中于派系斗争而非实务，严重削弱了政府的治理能力和应对危机的能力，党争导致朝政混乱，政策和制度不断变化，使得社会动荡不安，百姓无所适从。
党争直接影响了国家的财政政策，以魏忠贤为首的阉党主张征收商业税，使得万历年间国库尚算殷实。崇祯皇帝即位后，东林党势力抬头，主张免除商业税，改收较重的农业税，这一政策导致国家财政收入骤减，国库极度空虚，军费开支无法保障，同时极大地加重了农民的负担。农民生活的极度贫困，直接推动了明末农民大起义，加速了明朝的灭亡。
党争造就了“君子”与“小人”二元对立的极端政治文化，重清议而轻实干。官员们有动力将意见冲突动辄上升为观念冲突，形成了观念先行、藐视实务的氛围。魏忠贤阉党编纂《东林点将录》等行为，更是将政治迫害与文化贬斥相结合。
东林党争成为后世研究王朝衰亡、官僚政治弊端和派系斗争危害的典型案例，揭示了制度缺陷、管理者失能与集团利益膨胀相结合可能导致的灾难性后果。
历史评价
美国学者贺凯(Charles O.Hucker)在《明末的东林运动》一文说：“明末东林运动的失败，代表传统儒家价值观念与现实恶劣政治势力斗争的一个典型，他们是一支重整道德的十字军，但不是一个改革政治的士大夫团体。”