人物生平
早期经历
嘉靖四十二年八月十七日（1563年9月4日），朱翊钧出生在裕王府，是明穆宗朱载坖的第三子。明穆宗有四子，长子、次子俱早亡。四子朱翊镠与朱翊钧同为李氏所生。朱翊钧的祖父世宗嘉靖帝晚年迷信道教，“讳言储贰，有涉一字者死”，因此，关于朱翊钧的诞生，没人敢报告嘉靖皇帝，更不敢为之起名字。直到隆庆元年（1567年）正月初十日，廷臣上疏请立皇太子，同月十八日明穆宗才为他赐名，叫朱翊钧。明穆宗说：赐你名字，名为钧，是说圣王制驭天下，犹如制器之转钧也，含义非常重大。你当念念不忘。
隆庆二年（1568年）三月十一日，因其成为了其父子嗣中最为年长的，故朱翊钧被立为皇太子，正位东宫。朱翊钧的生母李太后身世卑微原是宫人，后来母以子贵才晋升为贵妃。皇太子就是未来的皇帝，将来要治国治民，必须从小接受教育，了解以往帝王承业治国的经验教训，熟悉朝章典故，掌握驾驭臣民的本领。朱翊钧虽然年幼，却很懂得这个道理。明穆宗任命一批大臣为教官，辅导他读书。朱翊钧学习非常用功。其母李氏教子非常严格。朱翊钧小时候稍有懈怠，李太后就将其召至面前长跪。每次遇到讲筵的时候，李太后都令经筵讲官入前亲授。每遇到早朝的时候，五更就到了朱翊钧的寝宫，早早将朱翊钧叫起。由于讲官的尽心辅导，李太后的严格管教，以及朱翊钧本人的刻苦努力，朱翊钧年渐长而学愈进。他自己后来也常常十分得意地说：“朕五岁即能读书。”
冲龄践祚
隆庆六年（1572年）五月二十二日，明穆宗病危，三天后内阁大学士高拱、张居正、高仪被召入宫中。高拱等人进入寝宫东偏室，见明穆宗坐在御榻上，榻边帘后坐着皇后陈氏、皇贵妃李氏，10岁的太子朱翊钧就立在御榻的右边。明穆宗抓住高拱的手，临危托孤，“以全国使先生劳累”。司礼监太监冯保宣读给太子朱翊钧的遗诏：“遗诏与皇太子。朕不行了，皇帝你做。一应礼仪自有该部题请而行。你要依三辅臣并司礼监辅导，进学修德，用贤使能，无事荒怠，保守帝业。”三位大学士受托之后，掩泪而出。五月二十六日，明穆宗即崩于乾清宫。六月初十，皇太子朱翊钧正式即位，次年改元万历。
万历皇帝继位伊始，大学士高拱马上呈进新政五事，要求其御门听政，亲答奏请，面见辅臣，议处要事，且一应章奏览后俱须发送内阁看详拟票，杜绝内批留中。虽然高拱的本意在于“以主上幼冲，惩中官专政，条奏请诎司礼权，还之内阁”，但仍可看出他对于幼年皇帝朝夕训诲的急迫心情，初衷未为不妥。然而当时正值主少国疑之际，“上冲年在疚，拱默受成于两宫，权不自制，惟恐外廷之擅”。在读书方面，朱翊钧也是从一开始就坚持按照祖宗旧制，举日讲，御经筵，读经传、史书。在明朝的众皇帝中，除明太祖朱元璋之外，像朱翊钧那样确实是不多见的。朱翊钧即位后，就按照内阁首辅张居正的建议，每天于太阳初出时就驾幸文华殿，听儒臣讲读经书。然后少息片刻，复回讲席，再读史书。至午饭完毕时始返回宫内。只有每月逢三、六、九常朝之日，才暂免讲读。除此之外，即使是隆冬盛暑亦从不间断。
内阁争纷
朱翊钧即位时，一个突出的问题就是内阁纷争倾轧，整个朝廷也没有能够挽回嘉靖一朝的积弊。这个社会问题，以后变得更为激烈。按照明穆宗的布置，高拱是外廷的顾命大臣中排名最前的；在宫中，朱翊钧自然依靠冯保。但是，冯保与高拱的关系非常恶劣。此前，司礼监掌印太监职位空缺，高拱先后推荐了陈洪、孟冲，就是不愿让冯保做掌印太监。神宗自己在登极诏中也命令他们：朕方在冲年，尚赖文武亲贤，“共图化理”，“与民更始”。
冯保知书达礼，又有文艺素养，所以很受明穆宗的喜爱。冯保利用皇权更迭之间的权力真空，通过遗诏驱逐了政敌孟冲，亲自任司礼监掌印太监。而此时的内阁首辅高拱也对冯保欲除之而后快，在高拱的授意下，工科都给事中程文、吏科都给事中雒遵、礼科都给事中陆树德都开始弹劾冯保。由此，一场政治斗争势必不免，斗争中，冲突双方是冯保和高拱，而张居正表面上是帮助高拱的。但实际上，张居正与冯保关系非常密切，早就预谋赶走高拱。
明穆宗末年，高拱为内阁首辅。神宗即位之后，高拱“才略自许，负气凌人”，恰恰触犯了“自负付托之重，专行一意，以至内猜外忌”的为臣大戒，最终在官场角逐中失利。人事变更的结果，张居正依序升为内阁首辅，责无旁贷地肩担起培养万历皇帝的重任。而此次政治震荡对幼小的万历皇帝产成的刺激也颇为深刻：“专权之疑，深中帝心，魁柄独持，以终其世。晚虽倦勤，而内外之间，无复挟恣意如初年者。主术所操，为得其大也。”而且高拱为人性格执拗，出言偏颇。明穆宗去世时，高拱以主幼国危，痛哭时说了一句：“十岁太子如何治天下。”神宗即位后，冯保将这句话加以歪曲，改成“高公讲，十岁小孩哪能决事当皇帝”。神宗听到这话，“专权之疑，深中帝心”。于隆庆六年（1572年）六月十六日将他免职，以张居正取代他的位置。此后神宗在位四十八年，始终坚持自操威柄。他说过“若用舍予夺，不由朝廷，朕将何以治天下！”
高拱一走，高仪也惊得呕血三日而亡，三位内阁顾命大臣中只剩下张居正一人。同时，在经济和政治方面的问题也堆积如山。面对着这些重重的困难，这个万历帝没有畏缩不前，为了“皇图永固”，他以“少年天子”的气派，牢牢抓住“用人唯我”、生杀予夺在朝廷这根权柄，励精图治，推行新政，朱翊钧在位前十年中很有所作为。
太岳辅政
张居正为内阁首辅以后，朱翊钧将内廷的事务托给冯保，“而大柄悉以委居正”。对张居正不仅委以重任，而且尊礼有加，言必称“元辅张先生”，或“张先生”，从不直呼其名。隆庆六年（1572年）六月十九日，张居正刚刚走马上任几天，朱翊钧就在平台（即后左门）单独召见他，共商大计。由于明穆宗在位从没有召见过大臣，所以这事在当时曾引起轰动，使廷臣看到朱翊钧承业治国的精神和决心，又大大提高了张居正的威信。
朱翊钧从思想上到行动上，全力支持张居正，合力进行改革，推行万历新政。政治改革的主要措施，是万历元年（1573年）推行的章奏“考成法”。它是针对官僚作风和文牍主义而提出的，意在“尊主权，课吏职，信赏罚，一号令”，提高朝廷机构办事效率。按照考成法的要求，事必专任，立限完成；层层监督，各负其责。神宗说：“事不考成，何由底绩。”其时，因为朱翊钧年幼，对祖制还不十分明白，不晓得个中的利害关系。后来，他意识到张居正的权力过大，“几乎震主”，这无疑是一个重要原因。
经济领域的改革，一是清丈全国田亩；二是推广“一条鞭法”。万历六年（1578年）十一月，朱翊钧下令在福建行省进行试点。至万历八年（1580年）九月，福建“清丈田粮事竣”。朱翊钧与张居正因势利导，趁热打铁，立即通行全国清丈。户部奉旨就清丈范围、职责、政策、方法、费用、期限等制定了八项规定，于同年十一月下发各地。至万历十年（1582）十二月，各省均按三年期限基本完成，总计支出新增一百四十余万顷。推广“一条鞭法”，是当时经济改革的又一个重要举措。万历九年（1581年），一条鞭法已在全国各地“尽行之”。这标志着整个张居正改革已经取得了重大胜利。
万历朝的前十年，在幼年朱翊钧的支持下，张居正在政治上、经济上进行大刀阔斧的改革，政府面貌焕然一新，经济状况也大为改善。万历十年（1582年）六月，一代名臣张居正病逝，朱翊钧从此开始亲政。这次改革，始于万历元年（1573年），至万历十年（1582年）基本结束。它是明中叶以来地主阶级革新自救运动的继续和发展，也是明后期政治、经济关系新变动的深刻反映。其范围，覆盖政治、经济诸方面。具体步骤是，前五年以政治改革为重点，后五年以经济改革为主要任务。十年改革取得了非常大的成就，扭转了正德、嘉靖两朝以来形成的颓势。
朱翊钧亲政后，主持了著名的“万历三大征”。先后在明王朝西北、西南边疆和朝鲜展开的三次大规模军事行动；分别为李如松（李成梁长子）平定蒙古人哱拜叛变的宁夏之役，李如松、麻贵抗击日本丰臣秀吉政权入侵的朝鲜之役，以及李化龙平定苗疆土司杨应龙叛变的播州之役，巩固了汉家疆土。后世有说明军虽均获胜，但军费消耗甚钜。而三大征实际军费则由内帑和太仓库银足额拨发，三大征结束后，内帑和太仓库仍有存银。
怠政党争
万历十四年（1586年）十一月，朱翊钧开始沉湎于酒色之中，身体虚弱，每况愈下。因此，朱翊钧执政中后期，几乎很少上朝。他处理政事的主要方法是通过谕旨的形式向下面传递。“万历三大征”中边疆大事的处理，都是通过谕旨的形式，而不是大臣们所希望的“召对”形式。在三大征结束之后，朱翊钧对于大臣们的奏章的批复，似乎更不感兴趣了。同年，礼部主事卢洪春奏曰：朱翊钧“日夜纵饮作乐”。从同年起，为争立皇太子，演成了旷日持久的“国本之争”。
明末官僚队伍中党派林立，门户之争日盛一日，互相倾轧。东林党、宣党、昆党、齐党、浙党，名目众多。在东林党争无休无止之时，由于明神宗私爱贵妃郑氏之子、福王朱常洵，坚持其王府庄田“务足四万顷之数”，才肯让其出京之国，于是在朝廷又掀起了一场长达七八年之久的福王庄田之争。福王之国洛阳刚刚过了一年，万历四十三年（1615年）五月初四日酉时，又发生了晚明历史上著名的梃击案，作案的是一个名叫张差的蓟州男子，史称“梃击案”。起初，皇太子也以为“必有主使”。是时，郑贵妃一再指天发誓，自明无他。朱翊钧见事涉郑氏，加上多年来人们一直议论他不善待皇太子，感到事情重大，怕火烧自己，很快就亲自定张差为“疯癫奸徒”，并命“毋得株连无辜，致伤天和”，只处决张差及与之有关的太监庞保、刘成二人。并特地为此于同月二十八日，一反常态，二十五年来第一次召见大臣，宣布他的命令，将此案草草收场。
因立太子之事与内阁争执长达十余年，最后索性三十年不出宫门、不理朝政、不郊、不庙、不朝、不见、不批、不讲。万历十七年（1589年），朱翊钧不再接见朝臣，内阁出现了“人滞于官”和“曹署多空”的现象。至于贪财一事，朱翊钧他在亲政以后，查抄了冯保、张居正的家产，就让太监张诚全部搬入宫中，归自己支配。为了掠夺钱财，他派出宦官担任矿监税使，四处搜括民财。
万历二十五年（1597年），右副都御史谢杰批评朱翊钧荒于政事，亲政后政不如初：“陛下孝顺父母、尊祖、好学、勤政、敬天、爱民、节约开支、听取意见、亲人和贤人，都不能够像当初一样。”以至于朱翊钧在位中期以后，方入内阁的廷臣不知皇帝长相如何，于慎行、赵志皋、张位和沈一贯等四位国家重臣虽对政事忧心如焚，却无计可施，仅能以数太阳影子长短来打发值班的时间。万历四十年（1612年），南京各道御史上疏：“中央机构空虚，各种事务荒废，皇上深居二十多年，从来没有一次接见大臣，天下将有陆沉之忧。”首辅叶向高却说皇帝一日可接见福王两次。万历四十五年（1617年）十一月，部、寺大官十缺六、七，风宪重地空署几年，六科只剩下四个人，十三道只剩下五人。
万历中期后虽然不上朝，但是不上朝之后并没有宦官之乱，也没有外戚干政，也没有严嵩这样的奸臣，朝内党争也有所控制，万历对于日军攻打朝鲜、女真入侵和梃击案都有反应，表示虽然忽略一般朝政，还是关心国家大事，并透过一定的方式控制朝局。
与世长辞
参见：萨尔浒战役
就在朱翊钧宗晏处深宫，“万事不理”，导致从内廷到外廷闹得不可开交之际，辽东后金迅速崛起，不断出兵南犯，向明军发动进攻，辽东战争爆发。万历四十四年（1616年）正月初一日，后金政权正式建国，终于成为明朝的主要威胁。自此明朝辽东的形势也随之每况愈下。尤其是经过东征援朝战争和矿税使高淮乱辽以后，辽东边防空虚，军民困甚，供应艰难，加上明神宗用人不当，明军屡屡败北。
万历四十七年（1619年）三月，萨尔浒之战，明军四路大军，三路全军覆没，丧师九万，败局遂成。辽东战争每年约需银四百余万两，朱翊钧为了应付这笔庞大的军费，自万历四十六年九月起，先后三次下令加派全国田赋，时称“辽饷”。明末三饷（辽饷、剿饷、练饷）加派开始。加派非但无济于事，反而激起了全国人民的强烈不满，纷纷投入反对明朝的革命洪流。朱翊钧自己也因此情绪低落，愁眉不展。
万历四十八年（1620年）三月，朱翊钧因长期酒色无节，加上辽东惨败，国事困扰，终于病重不起。七月二十一日，神宗在弘德殿去世，终年五十八岁。二十二日发丧，二十三日颁布遗诏，命皇太子朱常洛嗣位。九月初十日尊谥号范天合道哲肃敦简光文章武安仁止孝显皇帝，庙号神宗。十月初三日，安葬于定陵。
为政举措
政治
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官吏考核
万历初年的政治改革主要措施是“考成法”，是万历元年（1573年）推行的。它是针对官僚作风和文牍主义而提出的，意在“尊主权，课吏职，信赏罚，一号令”，提高朝廷机构办事效率。按照考成法的要求，事必专任，立限完成；层层监督，各负其责。明神宗说：“事不考成，何由底绩。”其特点是改变国家机构的运作机制：以内阁监控六科，六科监控部院，部院监控地方抚按，最后使“部权尽归内阁”。六科和部院原是直接向皇帝负责，把它们变为受内阁制约，听从内阁指挥，实有悖于祖宗旧制，实质上是将一部分皇权转移到内阁。这是张居正对明代官制的一次重大变革。
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早朝制度
隆庆六年（1572年），朱翊钧即位，关于早朝这一仪式有了折中的变通办法。根据大学士张居正的安排，一旬之中，逢三、六、九日早朝，其他日子则不朝，以便年轻的皇帝可以有更多的时间攻读圣贤经传。这一规定执行以来已近15年，越到后来，圣旨免朝的日子也越来越多。与此同时，其他的礼仪，如各种祭扫，皇帝也经常不能亲临而是派遣官员代祭。实际上，神宗的早朝，即使按规定举行，较之前代，已经要省简多了。首先是早朝的地点很少再在正殿，而且在一般情况下早朝人员都不经午门而集结于宣治门，所有骏马驯象的仪仗也全部减免不用。其次，御前陈奏也已流于形式，因为所有陈奏的内容都已经用书面形式上达，只有必须让全体官员所知悉的事才在早朝时重新朗诵一过。
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清算张居正
从万历九年（1581年）到万历十年（1582年）间，张居正一直没有请假，坚持办公。次年二月，张居正旧病复发，虽然屡经名医医治，但是张居正自己也知道，自己“精力已竭”，“不过行尸走肉而已”！万历十年（1582年）六月二十日，张居正病逝。朱翊钧为之辍朝一天，给予张居正崇高的待遇：谥文忠，赠上柱国衔，荫一子为尚宝司丞，赏丧银500两。
然而，两年之后的万历十二年（1584年）八月，朱翊钧在都察院参劾张居正的奏疏中批示道：“张居正诬蔑亲藩，侵夺王坟府第，管制言官，蒙蔽我聪明。专权乱政，欺骗主上忘恩负义，谋划国家不忠。本会断棺戮尸，念效劳有年，姑且免去全部法追论。”（即说张居正无视皇帝权威，钳制言官，擅权乱政。）
这时候的张居正一家，已经被抄家。张府人口，一些老弱妇孺因为来不及退出被封闭于张府，饿死十余口，张居正80岁的老母还是在首辅大学士申时行的请求下才留有一所空宅和10顷田地。张居正恐怕生前绝对不能想到，他死后竟然会遭到一手扶持的神宗如此无情的惩处。朱翊钧这种一百八十度的态度转变是他长久处于张居正约束下的发泄，同样也是自己开始亲政的基础，推倒张居正，也就树立了皇帝自己的权威。
军事
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平定哱拜
参见：宁夏之役
万历二十年（1592年），哱拜和哱承恩父子在宁夏银川反叛（哱拜是蒙古鞑靼部人，降明以后做副总兵。他的儿子叫哱承恩，承袭父爵，做了指挥使），朱翊钧果断决定平叛。派去平叛的军队攻打了几次都没有取胜，万历皇帝又派李成梁的儿子李如松为总兵，率军平叛。李如松派人决黄河水灌城，城外积满了水，城被冲开一个口子；李如松乘势下令攻城，一举平息了哱拜之乱。
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援朝抗倭
参见：万历朝鲜战争
从万历二十年（1592年）到二十七年（1599年），朝鲜遭到日本侵略，王京陷落，八道失陷七道，仅靠近明朝边境义州一带尚存。朝鲜危急，请求明朝援助，“请求援助的使者，在路上络绎不绝”。朱翊钧鉴于唇亡则齿寒，决定派兵到朝鲜，援朝抗倭。这场战争时断时续，前后进行了七年多。最后，日本因丰臣秀吉去世，将侵朝日军撤出朝鲜，明军战胜而归。
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勘定播州
参见：播州之役
万历十七年（1589年），播州（播州就是今贵州遵义地区）宣慰司使杨应龙发动叛乱，朱翊钧派兵平叛。这场战争时断时续，一直到万历二十八年（1600），最后的结局是明军八路进兵，四月告捷，平息了杨应龙之乱。
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用兵女真
万历四十六年（1618年）四月十三日，建州女真首领努尔哈赤发布“七大恨”，起兵反明，建立后金政权。女真兵克抚顺，朝野震惊。万历四十七年（1619年），辽东经略杨镐四路进攻努尔哈赤，在萨尔浒之战大败，死四万余人，开原和铁岭沦陷，首都燕京震动。朱翊钧用熊廷弼守辽东，屯兵筑城，才稍稍将东北局势扭转。
经济
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清丈田亩
清丈田亩又称“清丈田粮”，目的是为了纠正田制混乱。这是继朱元璋之后进行的又一次全国性的土地大清丈。朱元璋时期那次大清丈，与“赋役黄册”相配套，编造了“鱼鳞图册”，为明代田赋征收奠定了基本框架。到了明中叶以后，“鱼鳞图册”已面目全非，赋役征派日益不均，国家赋税收入越来越少，“私室日富，公室日贫，国匮民穷”，田亩已是非清不可了。同明代其他重要经济改革一样，这次清丈也是首先从东南沿海地区搞起来的。
万历六年（1578年）十一月，朱翊钧下令在福建试点。中心问题是为了改变有田者不交纳税粮、无田者苦于赔纳的怪现象，使田亩与税粮挂钩。由于朱翊钧态度明确，张居正指导得力，坚决排除阻力，试点工作进行得颇为顺利。至万历八年（1580年）九月，福建清丈田粮的事务告竣之后。神宗与张居正因势利导，趁热打铁，立即通行全国清丈。户部奉旨就清丈范围、职责、政策、方法、费用、期限等制定了八项规定，于同年十一月下发各地。至万历十年（1582年）十二月，各省均按三年期限基本完成，总计支出新增一百四十余万顷。有些地方还重新编造了“鱼鳞图册”。是明代田制与赋制的又一次综合整治，成绩显著。缺点是有些地区为“求亩多”，不实事求是，用小弓丈量，以致出现新的“虚额”，加重小民负担。
鞭，又称“一条边”、“条边”、“一条编”、“条编”等。其视点是变通赋与役的征收方法。它和清丈田亩一样，也是在嘉靖、隆庆以来各地逐步试行的基础上发展起来的。明神宗的功劳，是支持把它推广到全国，实现了中国古代赋役史上一次伟大的变革，为实行货币地租创造了条件。
一条鞭法，“总括一州县之赋役，量地计丁，丁粮毕输于官。一岁之役，官为佥募。力差，则计其工食之费，量为增减；银差，则计其交纳之量，加以增耗。凡额办、派办、京库岁需与存留、供亿诸费，以及土贡方物，悉并为一条，皆计亩征银，折办于官，故谓之一条鞭”。其基本精神与特点是把赋与役合并，简化征收手续，扩大了征收范围，改变了以往的征收方法。它的推行，是中国封建社会晚期生产关系与生产力发展变化的反映。万历九年（1581年），一条鞭法已在全国各地“尽行之”。
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矿监税使
自张居正死后，朱翊钧开始通过向各地征收矿税银的方式，增加内库的内帑。在此以前，内库主要收入为金花银，即依靠南直隶地区的田赋。不过内库所有收支最终仍由户部负责，并对皇帝的使用进行严格的干预和管理。矿税银除补贴内帑用于宫廷膳食以外，更多则用于国家开支，尤其是边镇用钱。如万历二十年（1592年）十一月初四日，甘肃巡抚田乐上疏，因河西地区边疆用兵需数十万钱粮，请拨内帑，朱翊钧批复同意。万历二十七年（1599年）十二月十二日，户部因京师库银减少，边饷告急，请神宗拨内帑，朱翊钧虽然责怪户部未提前做好库银储备，并且不要因为有内帑而有恃无恐，但仍迅速拨发内府库银救急。万历三十一年（1603年）四月，户部更是因北部边疆兵饷告急，请拨内帑百万两，朱翊钧最顾及边情，所以同意照数拨用。另外，含矿税银的内帑也用于国家救灾，如万历二十二年（1594年）三月初九日，因河南饥荒，拨内帑三万三千两用于赈灾。
但是，矿监税使也造成了当地社会的动荡与冲突。代表性的事例有“高淮乱辽”和“杨荣乱滇”。因此矿税政策遭到很多人的反对。万历三十年（1602年）二月，神宗生病，召见辅臣沈一贯等，下令废除矿税。东南百姓闻讯欢呼雀跃，但不久神宗就后悔了，收回成命，此后多名官员进谏废除矿税，神宗都不听。
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加派辽饷
万历四十六年（1618年），当辽东战争发生时，明朝已是库府空虚，难以支应。当时大臣合议，安排辽东的防务需军费百万，但因筹措不及，朱翊钧只准与十万，且要延迟拨给。明廷多方筹措军饷，以应付战争之需。五个月后，明廷议决除贵州外全国亩加征田赋三厘五毫，后又加征三厘五毫。万历四十八年（1620年）再增二厘。连续三年先后三次增赋，合计九厘，共得银五百二十万两。这项加派就固定下来，成为常赋，称为“辽饷”。
文化
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改革学校
学校为养士基地，“人才所系”。为了培养新的人才，万历二年（1574年），神宗命令吏部严格选用提学官。次年三月，张居正进呈《请申旧章饬学政以振兴人才疏》，提出选用提学官和整顿学校的十八条方案。神宗以为“深切时弊”，下诏命“各官着实遵行”，并大量裁减府、州、县学的学生数。在明代，“科举必由学校”。人口不断增加，学校招生人数反而减少，不但与社会发展大势背道而驰，对于那些追求功名利禄者更是当头一棒。明神宗还根据张居正的建议，诏毁天下书院，迫害士人，实行文化专制。这些都是倒退行为，所以，一开始就遭到激烈反对，难以贯彻执行。张居正本人更为此付出了沉重代价：大邑士子多怨之，或谓他“千虑一失，在汰郡县诸生”，成为后来惨败的祸根之一。
外交
万历年间，西方传教士纷纷来华传播基督教，使得中西之间文化上得到交流。万历二十八年十二月二十二日（1601年1月25日），利玛窦觐见了朱翊钧。向朱翊钧进呈自鸣钟、圣经、《万国图志》、大西洋琴等方物，得他的信任。利玛窦还把封面烫金、装订精美的地图集《地球大观》送给他，告诉他，从这部地图集上，可以看到他从西方来到中国途经的路径。
同年，朱翊钧下诏允许利玛窦等人长居北京。之后利玛窦在北京以丰富东西学识，结交中国的士大夫。常与宾客谈论天主、灵魂、天堂、地狱。同时编撰新书，包括以中文写成的《二十五言》等，得到不少中国知识分子的尊重。到了1605年，北京已有200人信奉天主教，当中有数名更是公卿大臣。这当中最著名的，也是后来影响最大的是主持西书七千部翻译运动的进士出身的翰林徐光启。
这些传教士在中国传播西方天文、数学、地理等科学技术知识。对于当时中国社会经济文化的发展起了一定的促进作用，对于中国士大夫阶层中的少数先进分子，起了一种唤醒的作用。对中西交流作出了重要贡献，传教士把在中国所经历的写到西方去，引起西方巨大的反响，对日本和朝鲜半岛上的国家认识西方文明也产生了重要影响。
历史评价
史书评价
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《明实录》：上英明天纵，而更敦大优容，动必中节。……迨长而天表严重，广颡丰颔，龙行虎视，目光四射，指顾生威，而圣度益渊穆，廷臣触讳者，辄含茹不为动。喜作楷书，盈幅斗字，濡毫立就，自饶古法……晚年更精行草，唐宋好文之主，方斯蔑矣。天性至孝，居大行丧，哀毁备至，事仁圣皇太后、慈圣皇太后，多不匮孝思。……盖上仁孝圣神，迥绝千古，享国愈久，圣德弥隆，无挽近综核之烦，而自臻治古几康之理。海内沐浴玄化，几五十年。国祚灵长，永永无极，所培毓远矣。先是因秉轴者惩操切之过，不无稍剂以宽大，而上明习政事，乾纲独揽，予夺进退，莫可测识。晚颇厌言官，章奏概置不报，然每遇大事，未尝不折衷群议，归之圣裁，中外振耸，四海晏如。虽以忧勤之主，极意治平而不得者，上独以深居静摄得之。周之成康、汉之文景，未足况也。至慈护先考，终始无间，尤非草野所得窥，而为尧为舜之旨，更谆谆以期今上，盖实知不世出之主，足恢大有为之略，有万万不爽者。庙号曰神，殆真如神云。
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《明史》：神宗冲龄践阼，江陵秉政，综核名实，国势几于富强。继乃因循牵制，晏处深宫，纲纪废弛，君臣否隔。于是小人好权趋利者驰骛追逐，与名节之士为仇雠，门户纷然角立。驯至悊、愍，邪党滋蔓。在廷正类无深识远虑以折其机牙，而不胜忿激，交相攻讦。以致人主蓄疑，贤奸杂用，溃败决裂，不可振救。故论者谓明之亡，实亡于神宗，岂不谅欤。
历代评价
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沈德符：昔英宗御极亦在幼冲，初不闻三杨诸公有此朝夕纳诲，遂使王振得盗国柄，几危宗社。则主上早岁励精，真可只千古矣。
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田大益：
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①陛下受命日久，骄泰乘之，布列豺狼，殄灭善类，民无所措，靡不蓄怨含愤，觊一旦有事。愿陛下惕然警觉，敬天地，严祖宗，毋轻臣工，毋戕民命，毋任阉人，毋纵群小，毋务暴刻，毋甘怠荒，急改败辙，遵治规，用保祖宗无疆之业。
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②内臣务为劫夺，以应上求。矿不必穴，而税不必商；民间丘陇阡陌，皆矿也，官吏农工，皆入税之人也。公私骚然，脂膏殚竭。向所谓军国正供，反致缺损。即令有司威以刀锯，只足驱民而速之乱耳。此所谓敛巧必蹶也。陛下尝以矿税之役为裕国爱民。然内库日进不已，未尝少佐军国之需。四海之人，方反脣切齿，而冀以计智甘言，掩天下耳目，其可得乎！此所谓名伪必败也。财积而不用，祟将随之。脱巾不已，至于揭竿，适为奸雄睥睨之资。此时虽家给人予，亦且蹴之覆之而不可及矣。此所谓贿聚必散也。夫众心不可伤也。今天下上自簪缨，下至耕夫贩妇，茹苦含辛、搤諲侧目、而无所控诉者，盖已久矣。一旦土崩势成，家为仇，人为敌，众心齐倡，而海内因以大溃。此所谓怨极必乱也。国家全盛二百三十余年，已属阳九，而东征西讨以求快意。上之荡主心，下之耗国脉。二竖固而良医走，死气索而大命倾。此所谓祸迟必大也。陛下矜奋自贤，沈迷不返。以豪珰奸弁为腹心，以金钱珠玉为命脉。药石之言，褎如充耳。即令逢、干剖心，皋夔进谏，亦安能解其惑哉！此所谓意迷难救也。此六者，今之大患。臣畏死不言，则负陛下，陛下拒谏不纳，则危宗社。愿深察而力反之。
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③陛下驱率狼虎，飞而食人，使天下之人，剥肤而吸髓，重足而累息，以致天灾地坼，山崩川竭。衅自上开，愤由怨积，奈何欲涂民耳目，以自解释，谩曰权宜哉！今楚人以奉故，沈使者不返矣，且欲甘心巡抚大臣矣。中朝使臣不敢入境侦缓急，逾两月矣。四方观听，惟在楚人。臣意陛下必且旷然易虑，立罢矿税，以靖四方，奈何犹恋恋不能自割也！夫天下至贵，而金玉珠宝至贱也。积金玉珠宝若泰山，不可市天下尺寸地；而失天下，又何用金玉珠宝为哉！今四方万姓，见陛下遇楚事而无变志，知祸必不解，必且群起为变。此时即尽戮诸珰以谢天下，宁有济耶？
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雒于仁：臣备官岁余，仅朝见陛下者三。此外惟闻圣体违和，一切传免。郊祀庙享遣官代行，政事不亲，讲筵久辍。臣知陛下之疾，所以致之者有由也。臣闻嗜酒则腐肠，恋色则伐性，贪财则丧志，尚气则戕生。陛下八珍在御，觞酌是耽，卜昼不足，继以长夜。此其病在嗜酒也。宠“十俊”以启幸门，溺郑妃，靡言不听。忠谋摈斥，储位久虚。此其病在恋色也。传索帑金，括取币帛。甚且掠问宦官，有献则已，无则谴怒。李沂之疮痍未平，而张鲸之赀贿复入。此其病在贪财也。今日榜宫女，明日抶中官，罪状未明，立毙杖下。又宿怨藏怒于直臣，如范俊、姜应麟、孙如法辈，皆一诎不申，赐环无日。此其病在尚气也。四者之病，胶绕身心，岂药石所可治？今陛下春秋鼎盛，犹经年不朝，过此以往，更当何如？孟轲有取于法家拂士，今邹元标其人也。陛下弃而置之，臣有以得其故矣。元标入朝，必首言圣躬，次及左右。是以明知其贤，忌而弗用。独不思直臣不利于陛下，不便于左右，深有利于宗社哉！陛下之溺此四者，不曰操生杀之权，人畏之而不敢言，则曰居邃密之地，人莫知而不能言。不知鼓钟于宫，声闻于外，幽独之中，指视所集。且保禄全躯之士可以威权惧之，若怀忠守义者，即鼎锯何避焉！臣今敢以四箴献。若陛下肯用臣言，即立诛臣身，臣虽死犹生也。惟陛下垂察。
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努尔哈赤：
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①国民劳苦，非我之罪也，皆明万历帝之罪也。万历帝干预无涉之边外异国，遂遭天谴，万历帝身亡。仅其身死，天恐国人不晓所谴，遂又使万历帝之子泰昌帝，未及一月亦亡。明帝遭天谴责，父子以亡，王臣被杀，土地被陷。因万历帝作恶之故，汉民受劳苦也。
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②我国向以忠顺守边，叶赫原属我国。万历帝干预边外之事，离间我国，分而为二。曲在叶赫部，而强为庇获；直在我国，而强欲杀害，属肆欺凌，致成七大恨。
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③明万历帝罔念友邦，兴兵构怨，皇天震怒，疆圉沦丧，万众被戮。斯其害，岂啻鬼魅耶？
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皇太极：自古以来，或兴或废，何代无之，焉可枚举！如大辽天祚，无故欲杀金太祖而兵起；大金章宗，无故欲杀元太祖而兵起。万历无故侵陵我国、偏护叶赫，而我两国之兵起。
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冯梦龙：
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①那爷爷圣武神文，英明仁孝，真个朝无幸位，野没遗贤。
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②这位天子，聪明神武，德福兼全。十岁登基，在位四十八年，削平了三处寇乱。那三处？日本关白平秀吉，西夏承恩，播州杨应龙。平秀吉侵犯朝鲜，承恩、杨应龙是土官谋叛，先后削平。远夷莫不畏服，争来朝贡。真个是：一人有庆民安乐，四海无虞国太平。
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谈迁：我明冲主，英庙才九龄，神庙十之，主少国疑，时习窳惰，常侍之权在床在旁，而英分天绝，驭下凛凛、冯保虽伺其息，而中外静谧，两宫无间，三事不替。借有江陵（张居正），怨桐无悔于三年，居周岂嫌于元圣？天之祚明，若再得伊、旦，及倍年以长，慧断自独，霍光谢政之日，石显流徙之余，天下事受成于密勿，诵烈于遐荒。申（时行）、王（锡爵）继相，唯诺有余，骨鲠未足，勤政如帝，渐渝其初。中道静摄，事治民安，朝署如晨星，庙议如沸蜩，窃忧旁落，而实未始以颦笑假也。积厌熊臣，知其以章奏塞责，矫枉之过，概置寝阁，然北慑虏，东慑倭，西、南、北再枭叛镇，兵不留行，威宣禹迹之外。于是采木以病滇、蜀，矿税以瘵商氓。譬之壮夫日寻，伐性之斧，猝罹风露，久将不支。建虏之难，三十年弛痡之积也，犹泄泄然视之。日者辽阳号天下乐土，大贾名侠阗溢廛市，而以二三懦臣临彼劲敌，有生之乐，无死之心，不败何待？而慈仁不杀，享年独永，间有极忤，终于长系。惟怒江陵不可解，骖乘之隙，或所深罪，而任事之臣不避劳怨，于焉鲜继，各优游报成，则帝亦有以肇之。今吏民嗷嗷，追念宽政，讴吟思慕，虽改代，讵一日忘之哉？
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傅维鳞：帝仁孝宽平，享国最久，绝晚近综核之烦，而臻古圣几康之理。海内沐浴元化几五十年，百姓含鼓，目不见兵革，耳不闻战伐，途歌巷舞，无愁叹之声，洵明运之郅隆矣。初年精明，英密臣下，莫可测识，晚颇厌怠，深居静摄几三十年，而权不下移，亦可谓独秉太阿者。至慈护光宗，始终无间，宫闱之中，了无惭德，盖不世出之主也。第后来矿税纷纶，颇觉驿骚，而懈弛之久，边衅渐生，丧师蹙国，不能为帝解矣。冯、张初肆，旋就辟除，以号曰神，真不诬云。
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康熙帝：
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①万历以后，政事渐弛。宦寺朋党，交相构陷。门户日分，而士气浇薄。赋敛日繁，而民心涣散。
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②又如有明天下，皆坏于万历、泰昌、天启三朝。愍帝即位，未尝不励精图治，而所值事势，无可如何。明之亡，非愍帝之咎也。
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乾隆帝：
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①嘉靖、万历、天启之昏庸逸乐，阿柄下移，以致权臣奸宦，相继而擅威福，乱政害良。此数君惟知蒙业而安，于国事懵然罔觉，虽未及身而丧，不数传而驯至灭亡。使有能奋然振兴，追念洪武之旧图，励精求治，未必不可挽回于未造。
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③明帝鲜善政，然或一二有。兹今论定陵，乃无一可取。少时擅居正，任为弗可否。长懒见廷臣，股肱隔元首。以私弗立储，争产益可丑。贤党奸党混，致此谁之咎？盖天厌明德，纵之历年久。明亡定于斯，戒万世不朽。
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蔡东藩：
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①神宗临幸宫人，暗育珠胎，至于太后诘问，犹不肯实言，虽系积畏之深，以致如此，然使太后处事未明，疑宫人为外遇，置诸刑典，得毋沉冤莫白，终为神宗所陷害乎？一宵恩爱，何其钟情，至于生死之交，不出一言以相护，是可忍，孰不可忍？
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②神宗溺于郑贵妃，乃欲舍长立幼，廷臣争之，韪矣，但必谓储位一定，即有以固国本，亦未必尽然。兄挚废而弟尧立，后世尝颂尧为圣人，不闻其有背兄之恶玷。然则择贤而嗣，利社稷而奠人民，尤为善策，宁必拘拘于立长耶？惟典学亲师，最关重大，士庶人之子，未有年逾幼学而尚未就傅者，况皇子耶？廷臣争请立储，致忤帝意，甚至豫教元子之请，亦遭驳斥，神宗固不为无失，而大臣之不善调护，徒争意气，亦未始不足疵也。
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孟森：
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①明之衰，衰于正、嘉以后，至万历朝则加甚焉。明亡之征兆，至万历而定。万历在位四十八年，历时最久，又可分为三期：前十年为冲幼之期。有张居正当国，足守嘉、隆之旧，而又或胜之。盖居正总揽大柄，帝之私欲未能发露，故其干济可观，偏倚亦可厌，而若穆宗之嗜欲害政则尚无有，纯乎阁臣为政，与高拱之在穆宗朝大略相等。至居正卒后，帝亲操大柄，泄愤于居正之专，其后专用软熟之人为相。而怠于临政，勇于敛财，不郊不庙不朝者三十年，与外廷隔绝，唯倚阉人四出聚敛，矿使税使，毒遍天下。庸人柄政，百官多旷其职；边患日亟，初无以为意者。是为醉梦之期。至四十六年，清太祖公然起兵，入占辽、沈，明始感觉，而征兵征饷，骚动天下，民穷财尽，铤而走险，内外交乘，明事不可为矣。是为决裂之期。
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②神宗之于内官，其员缺不补，亦与外廷之臣无异。外廷阙（缺）官为失政，内官缺额则为美德矣。而帝则用采榷之监，毒遍天下。此则唯知好货，其内外缺官实为惜俸给，其采榷必遣内监，利其非士大夫，不知法纪，而可以尽搜括之能事。帝王之奇贪，从古无若帝者。
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吕思勉：神宗亲政，又复昏乱。他不视朝至于20余年。群臣都结党相攻。其时无锡顾宪成，居东林书院讲学，喜欢议论时政，于是朝廷上的私党，和民间的清议，渐至纠结而不可分。神宗信任中官，使其到各省去开矿，名为开矿，实则藉此索诈。又在穷乡僻壤，设立税使，骚扰无所不至。日本丰臣秀吉犯朝鲜，明朝发大兵数十万以援之，相持凡7年，并不能却敌，到秀吉死，日本兵才自退。
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白寿彝：明神宗在位四十八年，前十年奋发图强，中间十年由勤变懒，最后近三十年“万事不理”。他的主要特征，是贪酒、贪色、贪财而又贪权，始终“魁柄独持”，可谓操权有术，从这一点说，他不是一个庸人之辈。但他又缺乏明太祖、明成祖那样的雄才大略。
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范文澜：神宗亲政以后，独揽大权，怠于政事而耽于享乐，日益挥霍侈靡，不知遏止。
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阎崇年：
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①万历朝不仅土地高度集中，军屯制度败坏；而且政治极为腐朽，朝廷朋党倾轧。以皇帝、宦官、王公、佞臣为代表的贵族官僚集团，已成为统治阶级内部最反动、最寄生、最保守、最腐朽的集团。
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②万历朝后期，主昏臣庸，宦寺当国，纲纪废弛，柄臣相轧，党争日烈，腐败至极，朱明祚运，已届垂暮。万历帝二十几年不御朝政，以久病亏衰之躯，高卧深宫之中，日与宫女、太监厮混。一切奏章，多留中不发；阁部大臣，亦遇事敷衍。即如朝廷会议，大都流为故套。
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③万历帝既深居简出，不理政事，又掷金如土，挥霍无度。
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周远廉：
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①明帝朱翊钧是个极端专制、贪婪、反动的昏君。矿税之祸国殃民众所公认，群臣苦谏，民变纷起，社会动荡，朱家王朝摇摇欲坠。这些，朱翊钧不是不知，但他却因贪恋每年矿税数百万之巨财，坚决拒谏、骂谏臣、罪言官而强制推行。这充分表明了此时君权之大，专制之甚，也充分暴露了朱翊钧贪婪、昏庸的反动面目。
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②矿税虐政施行之时，正是明廷多事之秋。万历二十四年，努尔哈赤已自称女真国王子、“聪睿汗”，统一了建州女真，其势力蓬勃发展；日本也正侵略朝鲜，明廷出兵援朝，前后八年，所费浩繁。万历二十五年，播州杨应龙起兵，明廷又组织力量围剿多年，国用大匮。在这种生死攸关的严重关头，明帝却施行天怒人怨的矿税虐政，勒索民财国赋入私囊，并居然坚持推行多年，这充分显示了此时明王朝统治集团的腐朽，预示其亡期不远。
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③人民不是群氓，多数人反对的事物一定不是好事物，命运一定不会长久。独夫民贼朱翊钧施行矿税虐政，不管他讲出多么冠冕堂皇的“理由”，打着多么漂亮的旗号，也不管他给他那一小撮亲信太监多大的权力，给群臣和人民多大的压力，也不管他本人是个怎样不可侵犯的庞然大物，但终究迷不着人们的眼睛，压不服人们的反抗。尽管朱翊钧仗凭个人的帝王之权和任用群小，将这种矿税苛政坚持20多年，但到头来这种苛政还是和他一起进入了历史棺材。“尔曹身与名俱裂，不废江河万古流”，朱翊钧和矿税苛政在当代就被否定，究其原因，就是因为他和它不是好的事物。
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①明神宗紧紧掌握国家大权，但他却是个喜欢安逸、贪婪无比、任性使气、爱弄权术的人，这便严重影响了这一时期的政治状况，使之混乱不堪，以致埋伏了明朝中央政府崩溃的危机。
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②万历十年以后，明神宗牢牢地掌握了政权，更有了为所欲为的条件，他便越发地挥金如土了，而且挥霍的程度随着时间的推移而加深，对财贿的搜求也随之而加急。于是，他成了历史上一个有名的浪费、贪财的皇帝。
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③明神宗的怠于政事而勤于搜刮，政府机构的瘫痪及党争的激烈，必然造成这一时期政治上黑暗、腐朽，对人民的剥削越来越重，张居正改革后一度出现的政治较好、财政较宽裕的局面全部改观，劳动人民的生活每况愈下，为了生存，不得不经常掀起反对封建统治和剥削的武装斗争。
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①亲政之初，他颇有点励精图治的劲头，“日视朝讲，万几亲总，五夜夙兴，又且留心民瘼，加意人才，召对辅臣，咨访部院，开诚纳谏，虚己受言”。在位期间，他决策举行的“三大征”即平定宁夏哱拜叛乱、援朝战争、平定播州杨应龙叛乱，都取得了胜利，受到后人的称赞。这说明，明神宗并不是一个庸碌无能的皇帝。但是，明神宗亲政后的一系列倒行逆施，却为明王朝的衰败埋下了祸根。
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②（明神宗）长期怠政，加速朝政的腐败。明神宗自小在糜烂的皇宫和王府里浸泡长大，浑身沾满“酒、色、财、气”。亲政之后，肆无忌惮地酗酒、纵欲，身体日渐虚弱。……此后，他不仅三天两头称病，而且常以需要调养为由，小病大养，无病也养，整天躲在深宫寻欢作乐，难得视朝，很少面见大臣，大臣的奏章也懒得批复，“上奏之疏，十留六七”，不见了亲政之初勤政的劲头。国家中枢机构因而陷于瘫痪，不仅许多国家大事不能及时处理，就连官员的选拔、任免机制也不能正常运行，空缺的职位不能及时补充，形成“曹署多空”的局面。……由于行政机构大量缺官，许多政务搁置不办，往来使臣无人接待，军饷无人解运，刑部不断狱，监狱都长满了青草。官员议政与行政的积极性受到极大的伤害，有的干脆杜门不出，或者弃职回家。官场的因循拖沓之风也因之大长，这又为官吏的贪污纳贿、鱼肉百姓洞开了方便之门。“职业尽弛，上下解体”，明朝的政治也就益趋腐败了。
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③明神宗怠于政事，却勤于敛财，亲政之后，极尽奢靡挥霍之能事。……明神宗毫无节制地挥霍浪费，导致他的贪欲日益膨胀，不断伸手向国库要钱，即“传索帑金”。……明神宗认为：“朕为天子，富有四海之内，溥天之下，莫非王土，天下之财，皆朕之财。”一旦内府支绌，他就下令“传索帑金”，向国库要钱。……明神宗大肆挥霍浪费，化国为家的结果，很快就使张居正改革的成果尽付东流，国家的财政迅速恶化。
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④明代的土地兼并到中期已十分严重，明神宗推波助澜，赏赐其子女、兄弟姐妹大量田土，更加速了土地的兼并。……为了满足自己的贪欲，明神宗还从万历二十四年（1596）六月起，派遣大批宦官充当矿监、税使，借开矿、征收商税为名，到全国各地去搜刮民脂民膏。“矿不必穴，而税不必商；民间丘陇阡陌，皆矿也，官吏农工，皆入税之人也。公私骚然，脂膏殚竭”。……照此计算，矿监、税使私吞的财货则有黄金约七万两、白银四五千万两之巨，全国的工商业因而受到极大的摧残。这还不算，由于国库已被掏空，明神宗又下令向广大农民加派田赋。嘉靖年间，为平定东南沿海的倭寇，曾临时实行过田赋加派，事毕旋已。明神宗便援引旧例，在万历三大征时实行田赋加派，战事结束即告停止。万历末年，为了对付女真的进攻，又于万历四十六年（1612）、四十七年和四十八年三次实行加派，每亩共加派田赋九厘，合计520万亩，“遂为岁额”，由临时的加派变为固定的赋额。所有这一切，都导致了阶级矛盾的进一步剧化，引起民变的频繁发生。
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国外评价
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朝鲜使臣许篈：今日臣等望见天威甚迩，龙颜壮大，语声铿锵。朝鲜使臣对万历皇帝执政前期的勤政是极为称道的：因闻皇上讲学之勤，三六九日，则无不视朝，其余日则虽寒暑之极，不辍经筵。四书则方讲孟子，纲目至于唐纪，日出坐殿，则讲官立讲。讲迄，各陈时务。又书额字，书敬畏二字以赐阁老，又以责难陈善四字，赐经筵官，以正己率属四字，赐六部尚书，虚心好问，而圣学日进于高明。下怀尽达，而庶政无不修，至午乃罢，仍赐宴于讲臣，宠礼优渥云。呜呼！圣年才至十二，而君德已著如此。若于后日长进不已，则四海万姓之得受其福者。
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黄仁宇：
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②万历皇帝聪明而敏锐；他自称早慧似乎是有根据的。他博览群书；甚至在他最后的日子里，在他已深居宫廷几十年，并已完全和他的官吏们疏远了时，按照他时代的标准，他仍然博闻广识。（《万历十五年》）
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③万历皇帝聪明而敏锐；他自称早慧似乎是有根据的。他博览群书；甚至在他最后的日子里，在他已深居宫廷几十年，并已完全和他的官吏们疏远了时，按照他时代的标准，他仍然博闻广识。有关他青年时期的故事描绘出一个创造的活力经常受到阻挠的不肯安静的青年。他被迫承担一个与世隔绝的君主的任务。除了因夜间与太监们一起喝醉而受到他母亲和大学士张居正的训导外，他还因时常练习书法，因骑马，因主持射箭比赛而受到批评；所有这些消遣被认为是与他当皇帝的职分不相容的。他在其统治的早年关怀百姓的福利和他关心官吏的腐化及边疆防御的恶化，常常被批评他的人所忽略。（《剑桥中国明代史》）
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④万历皇帝的聪明促成了他不尽君主之责。尽管他从未明白说明，但他似乎了解，他不能改革作为制度的帝国官僚机构。他无力革新，和对皇帝一样，这对王朝也是不幸的。他不得不实行并不治理的统治达48年，闭居宫中，像是他的官僚们的事实上的囚徒。（《剑桥中国明代史》）
轶事典故
父子亲情
少时聪颖
神宗登基之初，就以他高贵的仪表给了臣僚们以深刻的印象。他的声音发自丹田，深沉有力，并有余音袅袅。从各种迹象看来，他确实是一个早熟的君主。他自己说过他在5岁时就能够读书，按中国旧时的计算方法，那时他的实足年龄仅在3岁至4岁之间。巴力尽管如此，在他御字之初，由于年龄太小，临朝时还需要在衣袖里抽出一张别人事先为他书写好的纸片，边看边答复各个官员的呈奏请示。他自然不能完全明白纸片上所写答语的含义，而只是一个尚未成年的儿童在简单地履行皇帝的职责。
诏谕老君山
朱翊钧仰慕老子修道养生而获的长寿之术，故信道教，于公元1603年四月初八，万历帝特立“万历皇帝老君山诏谕牌”，诏谕洛阳老君山为“天下名山”，并虔心祈祷：“联躬康泰，无疆福寿，民安国泰，天下太平。”明神宗万历二十三年（1595），朝廷遣中使，发帑金，建栾川老君山太清官宫殿。继之于神宗万历三十一年（1603），明神宗朱翊钧下令印造《道大藏经》，共460多卷，颁赐给老君山。但其后因战火，这套道教文化全书被毁。
交好大伴
慈圣皇太后与太监冯保都喜欢书法。所以，朱翊钧很小的时候书法就极为工整。冯保在宫中，被皇帝称作“伴伴”、“大伴”，小皇帝对于冯保非常畏惧。每次小皇帝与小太监玩的时候，看到冯保来了，就正襟危坐说：“大伴来了。”冯保的职责不但是对皇帝实行一般的教育，有时还要代皇帝朱批。因此，他与张居正之间的联系要紧密一些。实际上，正因为内有冯保，外有张居正，万历初年的新政才能顺利地推行。张居正对于朱翊钧的辅导和关怀无微不至，他为皇帝安排了详尽的视朝和讲读的日程表。大至朝廷用人之道，小至宫中的一些小节，张居正都要细细地与皇帝说。
呵护太岳
张居正身为辅臣，又是神宗的老师，自然有很大的权力，神宗对居正也是毕恭毕敬，言听计从。史载“帝虚以委居正，居正亦慨然以天下为己任，中外想望风采。”张居正所说所请，神宗大多称善，并一一批准，就连神宗自己都说：“卿平日所言，朕无一不从。”甚至慈圣太后决定的事，张居正觉得不可行，神宗也要按张居正的意思说服太后然后行之。
神宗对张居正的请求不仅能从之，而且对弹劾张居正的官员皆给予申饬贬黜，万历四年春正月，“御史刘台劾大学士张居正专擅威福，如逐大学士高拱，私赠成国公朱希忠王爵，引用张四维、张翰为党，斥逐言官余懋学、傅应桢，罔上行私，横黩无厌。居正甚怒，见上辞政，曰：臣之所处者，危地也。言者以为擅作威福，而臣之所行，正威福也。将巽顺以悦下耶？则负国。竭公以事上耶？无以逃端擅之讥。伏地不肯起。上下御座，手掖之曰：先生起，朕当则台以谢先生！诏下台狱，杖之百，远戍之。”可见，神宗对张居正呵护有加。
喜爱读书
自从张居正去世以后，万历脱出了翰林学士的羁绊；而自从他成为父亲以来，慈圣太后也不再干预他的生活。但是，皇帝在这个时候确实已经成年了，他已经不再有兴趣和小宦官去胡闹，他变成了一个喜欢读书的人。他命令大学士把本朝祖宗的“实录”抄出副本供他阅读，又命令宦官在北京城内收买新出版的各种书籍，包括诗歌、论议、医药、剧本、小说等各个方面。
擅长书法
在明代诸帝中，明神宗与其孙崇祯帝是两位堪称擅长书法的皇帝。神宗自幼即工八分书，为此太监孙隆专造清谨堂墨，款制精巧，极为神宗所爱。明神宗的善书，既是家学的渊源，也是受张居正等辅臣的影响。就家学而言，神宗生母慈圣皇太后就善书。同时，辅臣张居正等人在给神宗安排的教学课程中，也有习字一门，所用影格是《大宝箴》。这两者的影响，使得神宗初即位，就“好为大书”，所以时常有一些内使环立两旁，求神宗御书。万历二年四月，神宗赐给张居正“宅挨保冲”四字，吕调阳“同心夹辅”四字，六卿“正己率属”各一幅。同年闰十二月，神宗亲洒翰墨，大书“弼予一人，永保天命”八字，赐予张居正。在张居正等看来，这些大字已是“笔力遒劲，体格庄严，虽前代人主善书者，无以复逾”。此外，神宗还对草书的普及有过一定的贡献。万历年间，由于他的提倡，草书入门书《草书百韵歌》极为流行，士子之家，几乎人手一册。在《草书百韵歌》的版本中，有一种是“万历十二年神宗御制序、跋本”，尤为珍贵。
明末三案
参见词条：明末三案
人际关系
家世
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关系
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爵位
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姓名
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备注
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祖父
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世宗肃皇帝
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朱厚熜
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祖母
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（追尊）孝恪皇后
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杜氏
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—
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父亲
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明穆宗
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朱载坖
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—
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生母
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李贵妃
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李彩凤
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神宗即位，尊称慈圣皇太后。死后谥曰“孝定贞纯钦仁端肃弼天祚圣皇太后”。
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后妃
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称号/谥号
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生卒年
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备注
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孝端显皇后王氏
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1564年—1620年
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神宗原配，名王喜姐，谥孝端贞恪庄惠仁明媲天毓圣显皇后。
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孝靖皇后王氏
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1565年—1611年
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明光宗生母，谥温肃端靖纯懿皇贵妃，天启年间追尊为后。
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1568年—1630年
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李贵妃
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？—1597年
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万历六年选美入宫的三人之一。
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杨宜妃
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？—1581年
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万历六年选美入宫的三人之一。
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王荣妃
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？—1591年
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万历十年（1582年）选美入宫的“九嫔”之一。
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常顺妃
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原是宫女，万历十一年封顺妃。
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？—1623年
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万历三十二年（1604年）八月册封顺妃。
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许德妃
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？—1602年
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万历十四年册封为德妃，无出。
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？—1589年
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本为低级妃嫔，无出。
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1567年—1628
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魏慎嫔
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1567年—1606年
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邵敬嫔
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？—1606年
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张顺嫔
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1567年—1588年
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梁和嫔
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“九嫔”之一。河南归德府人，父锦衣卫正千户梁慎。
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李荣嫔
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1568年—1626年
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耿悼嫔
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1569年—1589年
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子女
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皇子
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公主
历史争议
参见词条：万历怠政
后人认为明朝的灭亡，万历帝有着不可推卸的责任。史学家也认为正是由于万历帝的怠政，才导致明朝灭亡。当然，万历他的身体很差是他懒惰原因。考古工作者发掘埋葬万历的墓穴发现，“无论是棺内万历右腿蜷曲的痛苦形状，还是尸骨复原后，右腿明显比左腿短的情形，都足以说明这位皇帝生前确实患有严重的足疾。”而万历帝对大臣的指责他也解释说自己身体不好。
这样的身体条件，严重地妨碍到了他出席各项活动，他也就因此背负上了“怠政”的恶名。
后世纪念
明定陵
明神宗朱翊钧死后葬于明定陵。定陵位于北京昌平区，地面建筑的总布局，呈前方后圆形，含有中国古代哲学观念“天圆地方”的象征意义。定陵早在万历帝生前就开始营建，万历十二年（1584）开工，历时6年方完成，耗银八百万两。陵墓建成时皇帝只有28岁，直到1620年才正式启用，该陵墓整整闲置达30年之久。
定陵成为十三陵中最大的三座陵园之一。它的地面建筑共占18万平方米，前有宽阔院落三进，后有高大宝城一座。陵正门前方是三卒汉白玉石桥。过了桥是高大的碑亭。亭周围有祠祭署、宰牲亭、定陵监等建筑物300多间。再往后就是陵园最外面的围墙—外罗城（围墙外的围墙）。
1958年，在夏鼐亲自指导下进行的明定陵发掘，历时两年多顺利结束。定陵是新中国第一座经国务院批准，有计划、有组织、主动发掘的帝王陵墓，出土了大量珍贵的丝织品、玉器、金器等文物。然而，由于技术水平落后，无数奇珍异宝无法保存，发掘的丝织品变硬腐化，三口金丝楠木精制而成的巨大红漆棺椁以及万历帝后的尸骨也在“文革”前后被红卫兵和革命干部遗弃及毁坏。
大报坛
1704年，即明朝亡国六十年时，朝鲜肃宗为报答壬辰战争中向朝鲜派遣援军的明神宗而修建了“大报坛”。祭祀明神宗的祭乐所用的乐舞是天子所用的八佾，而非诸侯即朝鲜国王自己所使用的六佾。而且，一切祭祀准备均按《大明集礼》与《大明会典》置办，祭文中也不书写清朝年号。到了1749年，朝鲜英祖又增加了明太祖朱元璋和明思宗崇祯皇帝的神位。
万东庙
史料索引
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《明史·卷二十·本纪第二十》
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《明史·卷二十一·本纪第二十一》
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《明实录·神宗卷》
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